Ze względu na brak jednoznacznych źródeł oraz stopniowy, rozproszony charakter formowania się wspólnoty, trudno przedstawić początki Zakonu w sposób pełny i precyzyjny. U jego źródeł nie znajdziemy ani jednej daty, ani konkretnego założyciela — był to proces, który formował się z czasem.
Początki Zakonu związane są w Polsce z kaznodziejską działalnością św. Jana Kapistrana (1453 r.), w wyniku której powstał na ziemiach polskich pierwszy Do użytku wewnętrznego klasztor Braci Mniejszych Ścisłej Obserwancji, zwanych w Polsce Bernardynami. Pod wpływem sławnego kaznodziei z Capestrano nie tylko młodzież męska „prosiła o habit św. Franciszka”. Zgłaszały się również dziewczęta pragnące wyższej doskonałości, które organizowały się, na ogół z grup tercjarek, w regularne kongregacje żyjące wspólnie modlitwą i pokutą, i które za podstawę swego życia przyjęły Regułę Trzeciego Zakonu Świeckich (od Pokuty), rozwiniętą i skodyfikowaną w późniejszych Konstytucjach.
Pierwszy formalny klasztor Sióstr Bernardynek powstał w 1459 r. w Krakowie, przy kościele św. Agnieszki. Datę jego erygowania przyjmuje się umownie za datę utworzenia Zakonu Bernardynek. Powstające klasztory Zakonu pozostawały pod duchową opieką Ojców Bernardynów, co doprowadziło do ustalenia się w historii popularnej nazwy Zakonu – Siostry Bernardynki. Początkowo w klasztorach składano tylko ślub czystości i posłuszeństwa i nie wszystkie konwenty były klauzurowe. Aż do XVIII w. utrwalał się charakter Zakonu jako franciszkańskiego, klauzurowego i kontemplacyjnego. W 1772 r., przed rozbiorem Polski, istniały 23 formalne konwenty Bernardynek z liczbą 580 sióstr. Niektóre przetrwały do naszych czasów, większość zanikła na skutek niesprzyjających warunków czy też eksterminacyjnej polityki, głównie zaborców w okresie rozbiorów Polski.
Obecnie Zakon Sióstr Bernardynek posiada 11 klasztorów: Brzeziny, Chęciny, Kraków, Łowicz, Łódź-Ruda, Święta Katarzyna, Warta, Wieluń, Zakliczyn oraz dwa klasztory przyjęte do Federacji w 2019 r.: Rudamina na Litwie i Słonim na Białorusi. Każdy z nich ma swoją bogatą i niepowtarzalną historię. Klasztory te, zgodnie z życzeniem Kościoła, wyrażonym przez papieża Piusa XII w Konstytucji apostolskiej Sponsa Christi i dekrecie Soboru Watykańskiego II Perfectae caritatis, od 1959 r. tworzą Federację pod wezwaniem Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny. Każdy klasztor należący do Federacji zachowuje swoją autonomię i niezależność od innych klasztorów i swój własny charakter. Jednak podstawą życia każdej wspólnoty jest Reguła i Życie Braci i Sióstr Trzeciego Zakonu Regularnego Świętego Franciszka z Asyżu, zatwierdzona (po przeredagowaniu) przez Jana Pawła II w 1982 r., i Konstytucje Generalne Mniszek Trzeciego Zakonu Regularnego Świętego Franciszka z Asyżu, zwanych w Polsce Bernardynkami, zatwierdzone przez Stolicę Apostolską w 1989 r., oraz Zwyczajnik Federacji Mniszek Trzeciego Zakonu Regularnego Świętego Franciszka z Asyżu, zatwierdzony przez Kapitułę Federacji w 1998 r.